Líneas de investigación

Mi investigación se centra en las interacciones entre insectos plaga, su microbiota y las plantas hospederas, con énfasis en Moscas de la Fruta (Diptera: Tephritidae). Integro ecología microbiana, genómica, metagenómica, transcriptómica y bioinformática para comprender los procesos que influyen en su nutrición, desarrollo y adaptación, y explorar aplicaciones en el manejo biorracional de plagas.

Mis principales intereses en investigación son:

• Ecología y diversidad de la microbiota de insectos plaga. Estudio de la composición y dinámica de las comunidades microbianas asociadas con insectos, y de su relación con la dieta, las plantas hospederas, las etapas de desarrollo y las condiciones ambientales.
• Bases genómicas y moleculares de la adaptación a plantas hospederas. Análisis de la variación genética, la expresión génica y las rutas metabólicas relacionadas con el uso de distintos hospederos, la tolerancia a compuestos vegetales y la detoxificación, considerando la participación del insecto y su microbiota.
• Interacciones metabólicas y nutricionales entre insectos y microorganismos. Estudio de la contribución microbiana a la disponibilidad de nutrientes y al desarrollo del insecto. Integración de datos ómicos y modelos metabólicos para identificar complementariedad nutricional, dependencias simbióticas y funciones relacionadas con el aprovechamiento de nitrógeno y carbono.
• Microbiota funcional y manejo biorracional de plagas. Identificación y evaluación de microorganismos y procesos metabólicos con potencial para mejorar el desarrollo y la calidad biológica en sistemas de cría masiva vinculados con la Técnica del Insecto Estéril. Exploración de dependencias nutricionales y simbióticas como posibles puntos de intervención para el manejo de plagas.

Síntesis curricular

Soy investigador asociado B del Instituto de Ecología, A.C. (INECOL), adscrito a la Red de Manejo Biorracional de Plagas y Vectores desde octubre de 2026. Soy biólogo (2010), maestro en Ciencias Biológicas (2013) y doctor en Ciencias (2017) por la Universidad Nacional Autónoma de México, donde obtuve el doctorado con mención honorífica.

Mi trayectoria se ha centrado en la ecología microbiana, la metagenómica y la biología computacional. Realicé estancias posdoctorales en el CINVESTAV, Unidad Mérida, y en el INECOL, así como una estancia de investigación en la Universidad Tecnológica de Delft, Países Bajos. Actualmente estudio las interacciones entre insectos plaga, microorganismos y plantas hospederas mediante herramientas ómicas, análisis bioinformáticos y modelación metabólica, con aplicaciones potenciales en el manejo biorracional de plagas.

Soy integrante del Sistema Nacional de Investigadoras e Investigadores, nivel I durante el periodo 2018–2026, nivel II para 2027–2031. Mi producción académica comprende la autoría o coautoría de 62 artículos científicos y dos capítulos de libro. He contribuido a la formación de estudiantes de licenciatura y posgrado mediante asesoría de tesis, participación en comités tutorales y docencia en bioinformática y análisis de datos ómicos.

Publicaciones seleccionadas

Artículos representativos sobre microbiota de insectos, adaptación a plantas hospederas e interacciones metabólicas.

• Cerqueda-García, D., Enciso-Ortíz, E., López-Sánchez, L., & Aluja, M. (2026). Gut barrier stability, metabolic reprogramming, and microbiota shifts support toxin tolerance in Anastrepha acris (Diptera: Tephritidae) larvae. Animal Microbiome. Publicación anticipada en línea. https://doi.org/10.1186/s42523-026-00633-x

• Cerqueda-García, D., & Aluja, M. (2026). Comparative gut microbiota analysis in newly emerged adults of five economically important Anastrepha species (Diptera: Tephritidae). Bulletin of Entomological Research, 116(2), 144–155. https://doi.org/10.1017/S0007485325100527

• Cerqueda-García, D., Osorio-Paz, I., Carpinteyro-Ponce, J., Ibarra-Laclette, E., Altúzar-Molina, A., & Aluja, M. (2025). Stage-resolved transcriptomic profiling of Anastrepha ludens (Diptera: Tephritidae) from egg to adult: molecular signatures of a notorious polyphagous fruit-fly pest. Frontiers in Insect Science, 5, 1618382. https://doi.org/10.3389/finsc.2025.1618382

• Aluja, M., Cerqueda-García, D., Altúzar-Molina, A., Guillén, L., Acosta-Velasco, E., Conde-Alarcón, J., & Moya, A. (2024). Geographic variation and core microbiota composition of Anastrepha ludens (Diptera: Tephritidae) infesting a single host across latitudinal and altitudinal gradients. PeerJ, 12, e18555. https://doi.org/10.7717/peerj.18555

• García-Saldaña, E. A., Cerqueda-García, D., Ibarra-Laclette, E., & Aluja, M. (2024). Insights into the differences related to the resistance mechanisms to the highly toxic fruit Hippomane mancinella (Malpighiales: Euphorbiaceae) between the larvae of the sister species Anastrepha acris and Anastrepha ludens (Diptera: Tephritidae) through comparative transcriptomics. Frontiers in Physiology, 15, 1263475. https://doi.org/10.3389/fphys.2024.1263475

• Aluja, M., Vázquez-Rosas-Landa, M., Cerqueda-García, D., Monribot-Villanueva, J. L., Altúzar-Molina, A., Ramírez-Vázquez, M., Velázquez-López, O., Rosas-Saito, G., Alonso-Sánchez, A. G., Ortega-Casas, R., Enríquez-Valencia, A. J., Guerrero-Analco, J. A., & Ibarra-Laclette, E. (2023). Assessment of the molecular responses of an ancient angiosperm against atypical insect oviposition: The case of Hass avocados and the tephritid fly Anastrepha ludens. International Journal of Molecular Sciences, 24(3), 2060. https://doi.org/10.3390/ijms24032060

• Ochoa-Sánchez, M., Cerqueda-García, D., Moya, A., Ibarra-Laclette, E., Altúzar-Molina, A., Desgarennes, D., & Aluja, M. (2022). Bitter friends are not always toxic: The loss of acetic acid bacteria and the absence of Komagataeibacter in the gut microbiota of the polyphagous fly Anastrepha ludens could inhibit its development in Psidium guajava in contrast to A. striata and A. fraterculus that flourish in this host. Frontiers in Microbiology, 13, 979817. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.979817

• Cerqueda-García, D., & Falcón, L. I. (2016). Metabolic potential of microbial mats and microbialites: Autotrophic capabilities described by an in silico stoichiometric approach from shared genomic resources. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 14(4), 1650020. https://doi.org/10.1142/S0219720016500207

• Cerqueda-García, D., Martínez-Castilla, L. P., Falcón, L. I., & Delaye, L. (2014). Metabolic analysis of Chlorobium chlorochromatii CaD3 reveals clues of the symbiosis in ‘Chlorochromatium aggregatum’. The ISME Journal, 8(5), 991–998. https://doi.org/10.1038/ismej.2013.207

Formación de recursos humanos

He participado en la dirección o codirección de cinco tesis de licenciatura concluidas, en la supervisión técnica de una tesis y en actividades de evaluación y seguimiento de estudiantes de posgrado. Estas contribuciones se complementan con la impartición de cursos especializados en el INECOL.

Dirección o codirección de tesis de licenciatura

• Ricardo Augusto Mercado Juárez. 2016. Facultad de Ciencias, UNAM
• Ilya Geraldine Palacios González. 2023. Universidad de Pamplona, Colombia
• William Augusto Macías Villabona. 2023. Universidad de Pamplona, Colombia
• Edwin Martin Vera Goyeneche. 2024. Universidad de Pamplona, Colombia
• Lina Fernanda Sánchez Aya. 2024. Universidad de Pamplona, Colombia

Supervisión técnica de tesis

• Uriel Eduardo Hernández Espinoza. Facultad de Química, UNAM, 2023. Tesis sobre la asociación de la microbiota intestinal con el consumo de vitamina B12 y su concentración sérica después de la cirugía bariátrica

Sinodalías y comités tutorales

• Lázaro Alejandro Quintana Menéndez. 2022. Universidad Autónoma Metropolitana
• Mitsuo Nakakawa Montes de Oca. 2023. Universidad Autónoma Metropolitana
• Selene Pérez Morales. 2025. Colegio de Postgraduados
• Roxana Ivette Barran Prior. En curso. Instituto de Ecología, A.C.