Líneas de investigación     Síntesis curricular      Publicaciones

Líneas de investigación

Estudios de microbiómica para describir y caracterizar la estructura y función de comunidades microbianas simbióticas asociadas a especies de importancia económica del sector primario.

En nuestro grupo estamos interesados en entender el papel que juegan las interacciones microbianas en la historia de vida y en la capacidad de explotación de hospederos en especies de importancia del sector agrícola, tales como el gorgojo del maíz (Sitophilus zeamais), el barrenador de las meliáceas (Hypsipyla grandella) o el gorgojo del agave (Scyphophorus acupunctatus); del sector pecuario, como el gusano barrenador del ganado (Cochliomyia hominivorax) o la mosca de los cuernos (Haematobia irritans); del sector acuícola, como (Gyrodactylus cichlidarum) o la tenia de las carpas (Schyzocotyle acheilognathi); o del sector apícola, como es el caso de la abeja europea (Apis mellifera) o abejas nativas.  Para alcanzar nuestros objetivos hacemos uso de diferentes enfoques ómicos, de biología molecular.

Síntesis curricular

• Ingeniero en Biotecnología (2007 – 2012).  Universidad   Autónoma   de   Chiapas. 

• Maestro en Ciencias Bioquímicas (2012 – 2014). Universidad Nacional Autónoma de México. 

• Técnico académico (2014 – 2020).  Departamento  de  Recursos  del  Mar,  Centro  de Investigación   y   de   Estudios Avanzados   del   Instituto   Politécnico   Nacional (CINVESTAV-IPN), Unidad-Mérida

• Doctor en Ciencias Marinas (2017  – 2020). Departamento  de  Recursos  del  Mar,  Centro  de Investigación   y   de   Estudios Avanzados   del   Instituto   Politécnico   Nacional (CINVESTAV-IPN), Unidad-Mérida

• Doctor en Ciencias Biológicas – opción Biotecnología de Plantas (2017 – 2020).  Centro de Investigación Científica de Yucatán.  

• Investigador Posdoctoral (octubre de 2020 – agosto 2021). Red de Manejo Bioracional de Plagas y Vectores, Clúster Científico y Tecnológico, Biomimic^® del Instituto de Ecología A.C.  

• Investigador Titular A (septiembre de 2021 – presente). Red de Estudios Moleculares Avanzados  de Estudios Moleculares Avanzados. Clúster Científico y Tecnológico, Biomimic^® del Instituto de Ecología A.C.  

A lo largo de mi carrera me he especializado   en   la   aplicación   de   herramientas  de ingeniería   genética,  bioquímica,   biología  molecular,   ciencias   ómicas (genómica, transcriptómica, proteómica, metagenómica) y bioinformática para el estudio de diversos modelos de plantas, animales y microorganismos, principalmente con el objetivo de comprender los diversos procesos moleculares que ocurren en los organismos en respuesta a diferentes desafíos ambientales, tanto de origen biótico como abiótico.  Ahora esta experiencia está siendo enfocada al área de entomología molecular para el estudio de especies de importancia agrícola y forestal, dentro de las líneas de investigación prioritarias dentro del grupo de trabajo.

Publicaciones

• Soto-Llanquitruf, I., Molina-Ruíz, C. S., Hernández-Velázquez, I. M., Mutis-Tejos, A. A., Guevara-Avendaño, E., Espinoza-Maldonado, J. A., ... & Zamora-Briseño, J. A. (2026). Life history drives the assembly of the bacterial community associated with the Horn fly, Haematobia irritans L.(Diptera: Muscidae). Archives of Microbiology, 208(2), 111.

• Casanova-Hernández, D., Pinacho-Pinacho, C. D., Calixto-Rojas, M., Rubio-Godoy, M., Hernández-Velázquez, I. M., Guevara-Avendaño, E., ... & Zamora-Briseño, J. A. (2025). Challenging the paradigm: the Asian fish tapeworm (Schyzocotyle acheilognathi, Yamaguti 1934) lacks an intrinsic symbiotic bacterial community. International Microbiology, 1-12.

• García-Saldaña, E., Guevara-Avendaño, E., Soto-Llanquitruf, I., Barrera-Méndez, F., Velázquez-López, O., Olivares-Miranda, M., ... & Zamora-Briseño, J. A. (2026). Grain type influences the assembly of the intestinal bacterial community and generates a fitness cost in the maize weevil, Sitophilus zeamais, Motschulsky 1855 (Coleoptera: Curculionidae). Journal of Stored Products Research, 115, 102848.

• Guevara-Avendaño, E., Hernández-Velázquez, I. M., Infante-Rodríguez, D. A., Martínez-Tlapa, D. L., Rodríguez-Sánchez, I. P., Valenzuela-González, J., & Zamora-Briseño, J. A. (2025). Examining the assembly of the bacterial  community associated with the fungus garden of Atta mexicana (Hymenoptera: Formicidae): Does queen origin matter?. Current Microbiology, 82(9), 417.

• Salazar-Rivera, G. I., Pereira-Santana, A., Hernández-Velázquez, I. M., Olivares-Miranda, M., Ibarra-Laclette, E., Gschaedler Mathis, A. C., ... & Zamora-Briseño, J. A. (2024). Disentangling the gut bacterial communities of the agave weevil, Scyphophorus acupunctatus (Coleoptera: Curculionidae). Symbiosis, 92(3), 381-392.

• Monribot-Villanueva, J. L., Altúzar-Molina, A., Aluja, M., Zamora-Briseño, J. A., Elizalde-Contreras, J. M., Bautista-Valle, M. V., ... Ruiz-May, E. (2022). Integrating proteomics and metabolomics approaches to elucidate the ripening process in white Psidium guajava. Food Chemistry, 367, 130656. IF: 7.5

• Aluja, M., Zamora-Briseño, J.A.**, Pérez-Brocal, V., Altuzar-Molina, A., Guillén, L., Desgarennes, D., Vázquez-Rosas-Landa, M., Ibarra-Laclette, E., Alonso-Sanchez, A.G., Moya, A. 2021. Metagenomic survey of the highly polyphagous Anastrepha ludens developing in ancestral and exotic hosts reveals the lack of a stable microbiota in larvae and the strong influence of metamorphosis on adult gut microbiota. Frontiers in Microbiology, 1928. IF: 5.64

• Santana-Cisneros, M.L., Rodríguez-Canul, R., Zamora-Briseño, J.A., Améndola-Pimenta, M., De Silva-Dávila, R., Ordóñez-López, U., Velázquez-Abunader, I., Pedro-Luis, A. 2021. Morphological and molecular identification of Octopoda (Mollusca: Cephalopoda) paralarvae from the southern Gulf of Mexico. Bulletin of Marine Science. 97(2): 281-304. DOI: https://doi.org/10.5343/bms.2020.0027. IF: 1.52

• Hernández-Pérez, A., Zamora-Briseño, J.A., Söderhäll, K., Söderhäll, I. 2021. Gut microbiome alterations in the crustacean Pacifastacusleniusculus exposed to environmental concentrations of antibiotics and effects on susceptibility to bacteria challenges. Dev Comp Immunol. 24:104181. doi: 10.1016/j.dci.2021.104181. IF: 3.49

• Améndola-Pimenta, M., Alcocer-Domínguez, J.C., Sandoval-Gio, J.J., González-Penagos, C.E., Zamora-Briseño, J.A., Ek-Huchim, J.P., Rodríguez-Canul, R. 2021. Differential gene expression induced by acute exposure to water accommodated fraction (WAF) and chemically enhanced WAF (CEWAF) of light crude oil and Nokomis 3-F4 in Limuluspolyphemus larvae. Bull Environ Contam Toxicol. doi: 10.1007/s00128-021-03272-x. IF: 1.66

• Martín-Hernández, R., Rodríguez-Canul, R., Kantún-Moreno, N., Olvera-Novoa, M.A., Medina-Contreras, O., Garikoitz-Legarda, C., Triviño, J.C., Zamora-Briseño, J.A., May-Solis, V., Poot-Salazar, A., Pérez-Vega, J.A., Gil-Zamorano, J., Grant, G., Dávalos, A., Olivera-Castillo, L. 2021. Comparative transcriptomes of the body wall of wild and farmed sea cucumber Isostichopus badionotus. International Journal of Molecular Sciences. 22(8):3882. doi: 10.3390/ijms22083882. IF: 5.9

• Zamora-Briseño, J.A.*, Améndola-Pimenta M, Ortega-Rosas DA, Pereira-Santana A, Hernández-Velázquez IM, González-Penagos CE, Pérez-Vega JA, Del Río-García M, Árcega-Cabrera F, Rodríguez-Canul R. 2021. Gill and liver transcriptomic responses of Achirus lineatus (Neopterygii: Achiridae) exposed to water-accommodated fraction (WAF) of light crude oil reveal an onset of hypoxia-like condition. Environmental Science and Pollution Research. doi: 10.1007/s11356-021-12909-7. IF: 3.06

• Juarez-Escobar, J., Guerrero-Analco, J.A., Zamora-Briseño, J.A., Elizalde-Contreras, J.M., Bautista-Valle, M.V., Bojórquez-Velázquez, E., Loyola-Vargas, V.M., Mata-Rosas, M., Ruíz-May, E. 2021. Tissue-specific proteome characterization of avocado seed during postharvest shelf life. Journal of Proteomics. 235:104112. doi: 10.1016/j.jprot.2021.104112. IF: 3.68

• González-Penagos, C.E., Zamora-Briseño, J.A., Cerqueda-García, D., Améndola-Pimenta, M., Pérez-Vega, J.A., Hernández-Nuñez, E., Rodríguez-Canul R. 2020. Alterations in the gut microbiota of zebrafish (Danio rerio) in response to water-soluble crude oil components and its mixture with a chemical dispersant. Frontiers in Public Health. 8:584953. doi: 10.3389/fpubh.2020.584953. IF: 3.02

• Zamora-Briseño, J.A.*, Pereira-Santana, A., Reyes-Hernández, S.J., Cerqueda-García, D., Castaño, E., Rodríguez-Zapata, L.C. 2020. Towards an understanding of the role of intrinsic protein disorder on plant adaptation to environmental challenges. Cell Stress and Chaperones. 26: 141-150. doi: 10.1007/s12192-020-01162-5. IF: 2.89

• Zamora-Briseño, J.A.*, Cerqueda-García, D., Hernández-Velázquez, I.M., Rivera-Bustamante, R., Huchín-Mian, J.P., Briones-Fourzán, P., Lozano-Álvarez, E., Rodríguez-Canul, R. 2020. Alterations in the gut-associated microbiota of juvenile Caribbean spiny lobsters Panulirus argus (Latreille, 1804) infected with PaV1. Journal of Invertebrate Pathology. 176:107457. doi: 10.1016/j.jip.2020.107457. IF: 2.74

• Cerqueda-García, D., Améndola-Pimenta, M., Zamora-Briseño, J.A., González-Penagos, C.E., Árcega-Cabrera, F., Ceja-Moreno, V., Rodríguez-Canul, R. 2020. Effects of chronic exposure to water accommodated fraction (WAF) of light crude oil on gut microbiota composition of the lined sole (Achirus lineatus). Marine and  Environmental Research. 161:105116. doi: 10.1016/j.marenvres.2020.105116. IF: 3.09

• Zamora-Briseño, J.A.*, Ruiz-May, E., Elizalde-Contreras, J.M., Hernández-Velázquez, I.M., Hernández-Pérez, A., Fuentes-García, A.G., Herrera Salvatierra, N., Briones-Fourzán, P., Pascual-Jiménez, C., Lozano-Álvarez, E., Rodríguez-Canul, R.P. 2020. iTRAQ-basedproteomic profile analysis of the hepatopancreas of Caribbean spiny lobsters infected with Panulirus argus Virus 1: metabolic and physiological implications. Frontiers in Microbiology. 11: 1084. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.01084. IF: 4.44

• Reyes Hernández, S.J., Zamora-Briseño, J.A., Cerqueda-García, D., Castaño, E., Rodríguez-Zapata, L.C. 2020. Alterations in the sap-associated microbiota of Carica papaya in response to drought stress. Symbiosis. DOI: 10.1007/s13199-020-006682-z. IF: 1.75

• Améndola-Pimenta, M., Cerqueda-García, D., Zamora-Briseño, J.A., Cough-Puga, D., Montero-Muñoz, J., Árcega-Cabrera, F., Ceja-Moreno, V., Pérez-Vega, J.A., García-Maldonado, J.Q., del Río-García, M., Zapata, O., Rodríguez-Canul, R.P. 2020. Toxicity evaluation and microbiota response of the lined sole Achirus lineatus (Chordata: Achiridae) exposed to the ligth petroleum water-accomodated fraction (WAF). Journal of Toxicology and Environmental Health, Part A. 83(8):1-17. doi: 10.1080/15287394.2020.1758861. IF: 2.77

• Zamora-Briseño, J.A.*, Pereira-Santana, A., Reyes-Hernández, S.J., Castaño, E. , Rodríguez-Zapata, L.C. 2019. Global dynamics in protein disorder during maize seed development. Genes. 10: 502. doi:10.3390/genes10070502. IF: 3.25

• Hernández-Pérez, A., Zamora-Briseño, J.A.*, Ruiz-May, E., Pereira-Santana, A.,Elizalde-Contreras, J.M., Pozos-González, S., Torres-Irineo, E., Hernández-López, J., Gaxiola-Cortés, M.G., Rodríguez-Canul, R. 2019. Proteomic profiling of the white shrimp Litopenaeus vannamei (Boone, 1931) hemocytes infected with white spot syndrome virus reveals the induction of allergy-related proteins. Developmental and Comparative Immunology. 91: 37-49. doi: 10.1016/j.dci.2018.10.00. IF: 3.19

• Zamora-Briseño, J.A.*, Reyes-Hernández, S.J. y Zapata, L.C.R. 2018. Does water stress promote the proteome-wide adjustment of intrinsically disordered proteins in plants?. Cell Stress and Chaperones. 23(5): 807-812. DOI: 10.1007/s12192-018-0918-x. IF: 2.89

• Gamboa-Tuz, S.D., Pereira-Santana, A., Zamora-Briseño, J.A., Castano, E., Espadas-Gil, F., Ayala-Sumuano, J.A., Keb-Llanes, M.A., Sanchez-Teyer, F., Rodríguez-Zapata, L.C. 2018. Transcriptomics and co-expression networks reveal tissue-specific responses and regulatory hubs under mild and severe drought in papaya (Carica papaya L.). Scientific Reports. 8:14539. DOI:10.1038/s41598-018-32904-2. IF: 4.24

• Siu-Rodas, Y., Calixto-Romo, M.A., Guillén-Navarro, K., Sánchez, J.E., Zamora-Briseño J.A., Amaya-Delgado, L. 2017. Bacillus subtilis with endocellulase and exocellulase activities isolated in the thermophilic phase from composting with coffee residues. Revista Argentina de Microbiología. 50(3): 234-243. doi.org/10.1016/j.ram.2017.08.005. IF: 0.89

• Pereira-Santana, A., Alvarado-Robledo, E.J., Zamora-Briseño, J.A., Ayala-Sumuano, J.T., Gonzalez-Mendoza, V.M., Espadas-Gil, F., Castaño, E., Rodríguez-Zapata, L.C. 2017. Transcriptional profiling of sugarcane leaves and roots under progressive osmotic stress reveals a regulated coordination of gene expression in a spatiotemporal manner. PLoS ONE. 12(12): e0189271. https://doi.org/10.1371/journal.Pone.0189271. IF: 2.77

• Zamora-Briseño, J.A.**, de Jiménez, E.S. 2016. A LEA 4 protein up-regulated by ABA is involved in drought response in maize roots. Molecular Biology Reports. 43(4): 221-8. doi: 10.1007/s11033-016-3963-5. IF: 2.14

Formación de recursos humanos

• Aarón Xavier Cantón Bastarrachea. 2016. Análisis in silico y clonación del promotor del factor de transcripción NAC002 de Caricapapaya L. Como requisito parcial para obtener el título de licenciado en biología. Universidad Autónoma de Yucatán.

• Lorena Velásquez Mejía. 2018. Caracterización de la variación genética de poblaciones de lenguados (orden: Pleuronectiforme) en las cercanías de la zona de exclusión de Pemex en la Sonda de Campeche. Como requisito parcial para obtener el título de licenciado en biología marina. Universidad del Mar, Unidad Puerto Ángel.

• Ortega Rosas Daniel Antonio. Transcriptómica comparativa de hígado y branquias del pez plano Achirus lineatus en respuesta a la exposición a petróleo. Como requisito parcial para obtener el título de licenciado en biología marina. Universidad del Mar, Unidad Puerto Ángel.