Dr. Abraham Marcelino Vidal Limón
Dr. Abraham Marcelino Vidal LimónInvestigador Titular A
SNII - Nivel - Iabraham.vidal@inecol.mx
Tel: (228) 842 1800 ext. 3607
Red de Estudios Moleculares Avanzados
Edificio B, Campus III
Estudios Moleculares Avanzados

Líneas de investigación      Formación académica      Experiencia profesional      Producción científica      Formación de recursos humanos      Publicaciones

 

 

 

Líneas de investigación

Las principales líneas de investigación en las que trabaja el Dr. Vidal son modelado molecular y cálculo de propiedades fisicoquímicas de biomoléculas (proteínas y enzimas, ácidos nucleicos, lípidos, metabolitos secundarios, etc.) mediante métodos computacionales como dinámica molecular y acoplamiento molecular, métodos híbridos QM/MM y herramientas quimioinformáticas basadas en Python. 

 

 

Formación Académica

  • Licenciatura (Biología). Facultad de Ciencias, UNAM. (2007).
  • Doctorado (Ciencias Bioquímicas). Instituto de Biotecnología, UNAM. (2014).

 

  

 

Experiencia profesional

  • Investigador Titular A, Instituto de Ecología A.C. Xalapa, Veracruz, México.
  • Investigador Posdoctoral, Instituto de Energías Renovables. UNAM, Morelos, México.
  • (2020-2021).
  • Investigador Posdoctoral, Centro de Nanociencias y Nanotecnología. UNAM, Baja California. México. (2019-2020).
  • Investigador Posdoctoral, Centro de Nanociencias y Nanotecnología. DGAPA-UNAM. Ensenada, Baja California, México. (2017-2019).
  • Investigador Posdoctoral, Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica, A.C, IPICyT. CONACYT. San Luis Potosí, México. (2017-2017).
  • Profesor de Asignatura, Escuela de Laudería. Instituto Nacional de Bellas Artes y Literatura, INBAL. Querétaro, México. (2015).
  • Investigador Posdoctoral, Universidad Veracruzana, LATEX-UV. Veracruz, México. (2014).

 

 

 

Producción científica

  • Artículos JCR: 25
  • Artículos de divulgación: 8
  • Capítulos de libro: 3
  • Desarrollos tecnológicos: 1

 

 

 

Formación de recursos humanos

Licenciatura

  • Ing. Cielo Domínguez Leal. Instituto Tecnológico de Xalapa. “Análisis In Silico De Nuevos Neonicotinoides Quirales Derivados Del Aminoácido Prolina Para Su Evaluación En El Receptor Nicotínico En Contra De Escarabajos Ambrosiales”. Xalapa, Veracruz. Agosto 2022.

Maestría

  • Lic. Alma Celeste Castañeda Leautaud. Posgrado en Nanociencias, CICESE-UNAM. “Estudio de la dinámica molecular del complejo Clozapina-Receptor D2 para el diseño de un fármaco antipsicótico sin efectos cardiometabólicos adversos”. Ensenada, Baja California. 4 Mayo 2020.
  • Biol. Lizt Selene Sibila Osorio Pando. Posgrado en Nanociencias, CICESE-UNAM. Ensenada, Baja California. “Determinación del potencial oncogénico de algunas especies de VPH mediante el análisis in silico de la interacción entre las proteínas E6 y E6AP”. 12 septiembre 2018.
  • Ing. Javier Iván Wong Romero. Posgrado en Nanociencias, CICESE-UNAM. “Análisis de la inmovilización de lacasa sobre soportes nanoestructurados basados en dióxido de silicio por medio de simulaciones moleculares”. Ensenada, Baja California. 16 marzo 2023.

 

Tesis en proceso

Licenciatura

  • Juan Pablo Martínez Sáenz, Universidad Veracruzana. “Diseño y caracterización de péptidos antimicrobianos mediante simulaciones químico-computacionales” Abril 2023). Co-dirección.
  • Ninfa Jiménez Acosta, Universidad Veracruzana. “El efecto del p-coumaroil-L-homoserina lactona en plantas de Arabidopsis thaliana y los posibles mecanismos de interacción molecular”. (Marzo 2023). Co-dirección.
  • Martha Edith Pariona Mendoza. Universidad Nacional del Callao, Perú. “Nanoparticulas Magneticas Con Potenciales En La Degradación Del Colorante Azul De Metileno En Agua”. (Enero 2023). Co-dirección.
  • Lizbeth de los Santos Saldaña, Instituto Tecnológico de Xalapa. (Diciembre 2022). Co-dirección.

Maestría

  • Biol. Luis Adrián Vargas Tapia. “Estudio de la interacción entre la proteína E7 del Virus del Papiloma Humano y Aptámeros para el diseño de biosensores y bionanovehículos”. Ensenada, Baja California. CICESE, Posgrado en Ciencias de la Vida. (Agosto 2020). 

Doctorado

  • M. en C. María Isabel Íñiguez Luna. “Análisis in silico de fenoles, como potenciales fármacos multidiana para el tratamiento de la enfermedad Alzheimer”. Universidad Veracruzana, Instituto de Ciencias Cerebrales, (Febrero 2019).
  • M. en C. David de Jesús de la Mora González. “Análisis in sílico de la dinámica molecular de mutaciones en el dominio de unión a ligando del receptor de andrógenos humano acoplado a 5α-dihidrotestosterona y flutamida”. Universidad Veracruzana, Instituto de Ciencias Cerebrales. (Febrero 2019).

 

 

 

Publicaciones

  • Quintal Martínez, J. P.; Quintal Ortíz, I. G.; Alonso Salomón, L. G.; García-Sosa, K.; Peña Rodríguez, L. M.; Guerrero Analco, J. A.; Monribot Villanueva, J. L.; Vidal-Limon, A.; Segura Campos, M. R., Bioassay-guided identification of antithrombotic compounds from Cnidoscolus aconitifolius (Mill.) I.M. Jhonst.: molecular docking, bioavailability, and toxicity prediction. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 2023. DOI: 10.1080/07391102.2023.2214214. En prensa.
  • Mudgil, P.; Gan, C.-Y.; Affan Baig, M.; Hamdi, M.; Mohteshamuddin, K.; Aguilar-Toalá, J. E.; Vidal-Limon, A. M.; Liceaga, A. M.; Maqsood, S., In-depth peptidomic profile and molecular simulation studies on ACE-inhibitory peptides derived from probiotic fermented milk of different farm animals. Food Research International 2023, 168, 112706. DOI: 10.1016/j.foodres.2023.112706
  • Álvarez-Sánchez, M. E.; Ruiz-May, E.; Aguilar-Tipacamú, G.; Elizalde-Contreras, J. M.; Bojórquez-Velázquez, E.; Zamora-Briseño, J. A.; Vidal-Limon, A. M.; Vázquez-Carrillo, L. I., The ovaries of ivermectin-resistant Rhipicephalus microplus strains display proteomic adaptations involving the induction of xenobiotic detoxification and structural remodeling mechanisms. Journal of Proteomics 2023, 280, 104892. DOI: 10.1016/j.jprot.2023.104892
  • Rodríguez-Hernández, A.; Bonilla-Landa, I.; Vidal-Limon, A.; Ibarra-Juárez, A.; Barrera-Méndez, F.; Medrano, F. J. E.; Díaz de León, R. E.; Olivares-Romero, J. L., Synthesis, insecticidal activity, and ensembled docking of nitroguanidines bearing S- and R-proline. Pest Management Science 2023, 79, (5), 1912-1921. DOI:  10.1002/ps.7368
  • “Nutricosmetics: A new frontier in bioactive peptides' research toward skin aging”. Aguilar-Toalá, J. E.; Vidal-Limon, A.; Liceaga, A. M., In Advances in Food and Nutrition Research, Academic Press: 2022. ISBN 1043-4526. DOI: 10.1016/bs.afnr.2022.10.002
  • Castañeda-Leautaud, A. C.; Vidal-Limon, A.*; Aguila, S. A., Molecular dynamics and free energy calculations of clozapine bound to D2 and H1 receptors reveal a cardiometabolic mitigated derivative. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 2022, 1-13. DOI: 10.1080/07391102.2022.2148748
  • Aguilar-Toalá, J. E.; Vidal-Limon, A.; Liceaga, A. M., Multifunctional Analysis of Chia Seed (Salvia hispanica L.) Bioactive Peptides Using Peptidomics and Molecular Dynamics Simulations Approaches. International Journal of Molecular Sciences 2022, 23, (13), 7288-7288. DOI: 10.3390/ijms23137288. DOI: 10.3390/ijms2313728
  • Vidal-Limon, A.; Aguilar-Toalá, J. E.; Liceaga, A. M., Integration of Molecular Docking Analysis and Molecular Dynamics Simulations for Studying Food Proteins and Bioactive Peptides. Journal of Agricultural and Food Chemistry 2022, 70, (4), 934-943.DOI: 10.1021/acs.jafc.1c06110
  • Huerta-Miranda, G. A.; García-García, W. I.; Vidal-Limon, A.; Miranda-Hernández, M., Use of simplified models for theoretical prediction of the interactions between available antibodies and the receptor-binding domain of SARS-CoV-2 spike protein. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 2021, 1-10. DOI: 10.1080/07391102.2021.2019123
  • Lagunes-Castro, M. d. l. S.; Aguila, S.; Herrera-Covarrubias, D.; Hernández-Aguilar, M. E.; Trigos, Á.; Vidal-Limon, A.*; Suárez-Medellín, J., Structure-Based Virtual Screening of Sterols and Triterpenoids Isolated from Ganoderma (Agaricomycetes) Medicinal Mushrooms Shows Differences in Their Affinity for Human Glucocorticoid and Mineralocorticoid Receptors. International Journal of Medicinal Mushrooms 2021, 23, (9), 1-13. DOI: 10.1615/IntJMedMushrooms.2021039290
  • “Design of Bioelectrochemical Interfaces Assisted by Molecular Dynamics Simulations”, Abraham Vidal-Limon; Guillermo Antonio Huerta-Miranda; Wendy I: García-García and Margarita Miranda. En “Homology Molecular Modeling - Perspectives and Applications”. (2020). IntechOpen. pp.17. DOI:10.5772/intechopen.93884
  • Muñoz-Fonseca, M.B.; Vidal-Limon, A.; Fernández- Pomares, C.; Rojas-Durán, F.; Hernández-Aguilar, M.E.; Espinoza, C.; Trigos, A. ; Suárez-Medellín J. (2020). Ergosterol exerts a differential effect on AR-dependent LNCaP and AR-independent DU-145 cancer cells. Natural Products Research. DOI: 10.1080/14786419.2020.1737054
  • Santini, B. L.; Zúñiga-Bustos M.; Vidal-Limon, A.; Alderete, J. B.; Águila, S. A.; Jiménez, V. A. (2020). In Silico Design of Novel Mutant Anti-MUC1 Aptamers for Targeted Cancer Therapy. Journal of Chemical Information and Modeling. DOI: 10.1021/acs.jcim.9b00756.
  • Meza-Menchaca T; Ramos-Ligonio A; Vidal-Limon, A.; Kaluzhskiy L; Shkel-Tvshkel TV; Strushkevich NV; Monteón A.; Jiménez-García LF; Agredano LT; Gallegos-García V; Suárez- Medellín J; Medina-De la Cruz O; Trigos-Landa, Á. (2019). Insights into ergosterol peroxide ́s trypanocidal. Biomolecules, 9, (9), 484. DOI:10.3390/biom9090484
  • Ricci-López, J; Vidal-Limon, A.; Zuñiga, M; Jimenez, V. ; Alderete, J.B ; Brizuela, C; and Aguila, S. (2019). Molecular modeling simulation studies reveal new potential inhibitors against HPV E6 protein. Plos One, 14(3): e0213028. DOI: 10.1371/journal.pone.0213028.
  • Garcia–Garcia, W.I. ; Vidal-Limon, A. ; Arrocha–Arcos, A.A. ; Palomares, L.A. ; Ramirez, O.T. and Miranda–Hernández, M. (2019). Rotavirus VP6 protein as a bio-electrochemical scaffold: molecular dynamics and experimental electrochemistry. Bioelectrochemistry. 127:180-6. DOI: 10.1016/J.BIOELECHEM.2019.02.012
  • Cardoza-Contreras, M. N.; Vásquez-Gallegos, A.; Vidal-Limon, A. ; Romo-Herrera J. M; Águila, S.; Contreras O.E. (2019). Photocatalytic and Antimicrobial Properties of Ga Doped and Ag Doped ZnO Nanorods for Water Treatment. Catalyst. 9 ,165. DOI:10.3390/catal9020165
  • Belman-Rodriguez, C; Vidal-Limon, A.M.; Contreras, O.E. ; Oviedo, M. J.; Aguila, S. (2018). Synthesis and characterization of BGO with different chelating compounds by the polymeric precursor method, and their effect on luminescence properties. Ceramics International. 44(13) 15618-15621. DOI: 10.1016/j.ceramint.2018.05.229
  • Vidal-Limon, A.M.; Garcia S. P. C; Arellano-García, E; Contreras, O, E; Aguila, S.A. (2018). Enhanced Degradation of Pesticide Dichlorophen by Laccase Immobilized on Nanoporous Materials: A Cytotoxic and Molecular Simulation Investigation. Bioconjugate Chemistry. 29 (4) 1073-1080. DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.7b00739
  • Vidal-Limon, A.M.; Tafoya, P; Santini, BL; Contreras, O.E.; Aguila S.A. (2017). Electron transfer pathways analysis of oxygen tolerant [NiFe]-hydrogenases for hydrogen production: A quantum mechanics/molecular mechanics – statistical coupled analysis. International Journal of Hydrogen Energy. 42(32) 20494-20502. DOI: 10.1016/j.ijhydene.2017.07.019
  • Vidal-Limon, A.M; Luna-Martínez, O.D.; Rojas-Durán, F; Meza- Menchaca, T.; Hernández- Aguilar, M.E.; Trigos, A.; Suárez- Medellín, J. (2017). Molecular Dynamics and Virtual Screening Analysis of Lanosterol Derivatives from Ganoderma spp. as Selective Ligands of Human Androgen Receptor. International Journal of Medicinal Mushrooms. ISSN 1521- 9437. DOI:10.1615/IntJMedMushrooms.2017021162
  • Alvarez-Guzmán, C.L.; Balderas-Hernández, V.E.; González-García, R. ;Ornelas- Salas, J.; Vidal-Limon, A.M.; Cisneros-de la Cueva, S.; De Leon-Rodriguez, A. (2017). Optimization of hydrogen production by the psychrophilic strain G088. International Journal of Hydrogen Energy. 42(6) 3630-3640. DOI: 10.1016/j.ijhydene.2016.08.098
  • Quiroz-Carranza, J. A.; Vidal-Limon, A.M ; Torres Torres, J. A. (2017). Generation Of Wood Dusts In Workshops Of The Violin Making School Of The National Institute Of Fine Arts And Literature, Mexico. [Generación de polvos de madera en talleres de la Escuela de Laudería del Instituto Nacional de Bellas Artes y Literatura, México]. Revista Internacional de Impacto Ambiental-UNAM, 1 (33). DOI: 10.20937/RICA.2017.33.01.06
  • Suárez-Medellín, J.; Meza-Menchaca, T.; Quiroz Carranza, J.A.; Trigos, A.; Vidal-Limon, A.M. (2016). In silico analysis of Lanostanoids isolated from Ganoderma mushrooms as potential ligands of vitamin D. International Journal of Medicinal Mushrooms. 18(11) 1037-1047. DOI: 10.1615/IntJMedMushrooms.v18.i11.80
  • Luna-Martínez, O.D.; Vidal-Limon, A.M.; Villalba-Velázquez, M.I.; Sánchez-Alcalá, R.; Ramón Garduño Juárez, R.; Vladimir N. Uversky, V. and Becerril-Luján, B. (2016). Simple Approach for Ranking Structure Determining Residues. Peer J. 4. e2136-e2159. DOI: 10.7717/peerj.2136
  • “Biotecnología y maderas”, Medel, R y Vidal Limón, A.M. en “Los Sonidos de la madera: Los árboles de México y su relación con la creación de instrumentos musicales tradicionales y clásicos”. (2015). Plaza y Valdés Editores. Joaquín Antonio Quiroz y Citlali Cantú Gutiérrez eds. ISBN 978-607-402-798-3. pp. 179. 
  • Vidal-Limon, A.M. ; Águila, S.; Ayala, M.; Batista, Cesar V. and Vazquez-Duhalt R. (2013). Peroxidase activity stabilization of cytochrome P450BM3 by rational analysis of intramolecular electron transfer. Journal of Inorganic Biochemistry. 122. 18–26. DOI: 10.1016/j.jinorgbio.2013.01.009
  • Aguila, S.; Vidal-Limon, A.M.; Alderete, J.B.; Sosa-Torres, M. And Vazquez-Duhalt, R. (2013). Unusual activation during peroxidase reaction of a cytochrome c variant. Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 85-86, 187-192. DOI: 10.1016/j.molcatb.2012.09.009

Artículos de Divulgación y notas periodísticas

  • Química e informática:  Hay productos naturales naturales medicinales en el bosque de niebla? (2022). Eco-Lógico Revista de Divulgación del INECOL.